Škriniar melakukan penampilan sulungnya untuk pasukan senior Slovakia dalam perlawanan persahabatan menentang Georgia pada 27 Mei 2016.[14] Pada akhir tahun 2016, beliau telah beraksi dalam beberapa perlawanan antarabangsa dan menjadi tonggak penting dalam kempen kelayakan Piala Dunia 2018 di mana beliau sering diletakkan di posisi pemain tengah bertahan.

Setelah persaraan Ján Ďurica pada November 2017, Škriniar telah mengisi ruang bagi posisi bek tengah untuk bergandingan dengan Martin Škrtel dalam pasukan Slovakia meskipun usia jauhnya lebih muda berbanding dengan pemain-pemain yang lebih berpengalaman seperti Peter Pekarík dan Tomáš Hubočan).